shrna设计网站

1、siRNA和shRNA的设计有何区别

siRNA和shRNA的设计有何区别
siRNA是小干扰rna；shRNA是小发卡rna,一段rna单链,形成茎环结构部分双链的小rna
siRNA可以是天然产生也可以是人工导入的,shRNA一般都是指人工的
shRNA多是用dna载体构建,在宿主内自行转录成shRNA,再加工成像siRNA一样的小RNA,目的为了模仿细胞内天然miRNA前体加工形成成熟miRNA的过程

2、怎么用invitrogen公司在线设计软件设计shRNA，，具体步骤

没用过 都是用sirecord

3、使用shRNA比siRNA的优势是什么？

两个在RNAi途径的基因沉默中具有实质利害关系的是双链小干扰（siRNA）和基于载体的短发夹RNA（shRNA）。虽然siRNA和shRNA都可用于蛋白沉默，但它们的作用机制有所不同。不管是长的双链RNA还是短的约21bp碱基对的双链都能够直接被转运到组织培养的细胞中。

虽然有一些报道提到siRNA在转染细胞时是被转运到细胞核中的，但更普遍的看法是它们在细胞质中聚集。长的双链RNA与Dicer一起形成复合物，双链特异性的核糖核酸酶III能够将它们处理成带有两个游离碱基的长度为21-23nt的siRNA。

随后这些siRNA片段与RISC结合，RISC由Argonaute-2 （Ago-2）、Dicer和TAR-RNA-结合蛋白（TRBP）组成。然后RNA的两条链分开，其中一条链从复合物上分离。5'端双链稳定性最低的那条链被选择出来，稳定的并入沉默复合物中。

(3)shrna设计网站扩展资料

早在1984年人们就发现反义RNA能够抑制基因的表达。1993年，Nellen和Lichtenstein提出了一个模型来解释这个观察。然而，直到1998年，Fire等人发表了在线虫RNA干扰的结果，他们发现双链RNA在抑制基因表达方面实际上比单链RNA更有效。最终确定小RNA途径涉及的蛋白质组分有许多与RNA干扰途径一样。

图中总结了RNA干扰机制的主要元件。它们包括锁定靶基因的双链RNA（siRNA或shRNA）、Dicer酶，Argonaute蛋白家族的蛋白质（具体来说是Ago-2）、Drosha、RISC、TRBP和PACT。

4、如何快速设计shRNA

在研究基因功能中，RNAi由于可以特异地使基因沉默或表达量降低而成为生物实验的强有力工具。其中shRNA慢病毒载体应用颇广，今天小编告诉大家2种方法可以快速设计构建到慢病毒载体中的shRNA。

1. Sigma网站

Sigma 公司做了一个针对人和小鼠的shRNA 库，而且部分基因的shRNA序列经过验证,因此直接使用Sigma 公司已验证过的RNAi 序列最为方便。

首先打开网址：http://www.sigmaaldrich.com/life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.html，以Fli1为例，直接输入基因名，点击search，出现以下界面：

在Procts中找到并点击shRNA选项，然后出现这个界面：

点击“MISSION shRNA Lentiviral Transction Particles”这一行的PRICING，这时会弹出界面展示针对目的基因的shRNA：

当出现时，恭喜你，这个基因有被sigma验证过，下拉可以找到验证过的shRNA，用来构建慢病毒，简单有效，敲减效率基本上是有保证的。如果没有验证过的shRNA，则根据需要多选择几条shRNA也是一样能筛选到有效的靶点。提示：小编倾向选择CDS区的shRNA，3UTR基本不选，而且选择的每一条shRNA都会在NCBI上做BLAST，确保靶点是特异性的。Blast比对后最终确认选择下面2条FLI1基因的shRNA：

需要特别提醒，如果要构建到慢病毒载体上，合成出去的shRNA引物会根据载体有些不一样，sigma用的是pLKO.1载体，小编常用SBI的pGreenPuro(CMV) 载体，两端的酶切位点是BamHI/EcoRI，设计出去的引物最终是这样的（不同shRNA替换中间红色部分）：

Sense:
Anti-sense:

2. Life Technologies网站

Life Technologies公司有个非常实用的在线shRNA设计软件，操作非常方便，而且设计出来的shRNA不再需要到NCBI上Blast，直接可以用的。

首先打开网站：http://rnaidesigner.lifetechnologies.com/rnaiexpress/，在Target Design Options处选中shRNA，以Fli1为例，输入Accession number或Nucleotide sequence，其他条件不变：

下拉到底点击RNAi Design，然后出现推荐的10条靶点序列：

根据Rank评星，选择其中需要的（翠花一般选择4条，不同位置各一条），点击Design shRNA Oligos：

然后在Default Loop Sequence选择合适的序列（翠花用的载体是pGreenPuro，不需要这个序列，就默认了，后面合成引物的时候要去掉的），在Custom Loop Sequence处输入CTCGAG，点击Design：

得到shRNA

提醒：合成出去的引物需要做微调，根据载体的要求，和sigma的设计一样，需要在前后加上酶切位点的，最后大功告成。

5、shRNA设计 5‘端通常有个CCGG（比如sigma的shRNA库序列），这个序列的作用是什么？

摘自网络
4. 在启动子下游的酶切位点下方紧连一个C，使插入片段和启动子有一定空间间隔以确保转录的发生。
5. ShRNA目的序列的第一个碱基必须是G以确保RNA聚合酶转录。如果选择的目的序列不以G开头，必须在紧连正义链的上游加一个G。

6、求助：shRNA设计的步骤及软件

软件很多，网上一搜便知，至于Blast，可以将你设计的靶点直接输入进行Blast，同源性越低越好

7、shrna设计原则中一般是在其orf中吗

GATCC是BglII限制性内切酶的酶切位点，有可能输入错误，正确应该是GATCT, TTTTTGGAAA是设计加上的特异性碱基，一般shRNA设计有固定的碱基，比如后面三个A.,参考设计吧

8、lncrna的shrna怎么设计

您好 ①包括细胞质内的细胞器，细胞质包括细胞质基质和细胞器 ②原生质层是由细胞膜、液泡膜和两层膜之间的细胞质构成的，它是植物细胞特有的一种结构，具有选择透过性。细胞核及液泡里面的细胞液都是原生质的组成部分，但不是原生质层的组成部分