1、如何设计有效的siRNA
1.化学合成
尽管化学合成是最贵的方法，但是却是最方便的——研究人员几乎不需要做什么工作。包括Ambion和Qiagen公司都可以根据用户要求提供高质量的化学合成siRNA。主要的缺点包括价格高，定制周期长，特别是有特殊需求的。由于价格比其他方法高，为一个基因合成3—4对siRNAs 的成本就更高了，比较常见的做法是用其他方法筛选出最有效的序列再进行化学合成。
最适用于：已经找到最有效的siRNA的情况下，需要大量siRNA进行研究
不适用于：筛选siRNA等长时间的研究，主要原因是价格因素
2.体外转录
通过体外转录的方法可以合成siRNAs，这样的成本相对化学合成法而言比较低，是一种性价比高的筛选siRNAs的好方法。更重要的是采用这种方法能够比化学合成法更快的得到siRNAs。以Silencer
siRNA Construction Kit为例，一旦得到DNA
Oligo模版（这个还是需要DNA合成的，不过DNA合成的成本就比较低了），只要24小时就可以，不需要等很久。这个方法的不足之处是实验的规模受到限制，虽然一次体外转录合成能提供足够做数百次转染的siRNAs，但是反应规模和量始终有一定的限制。而且和化学合成相比，还是需要占用研究人员相当的时间——毕竟，化学合成只需要定购就可以了。值得一提的是体外转录得到的siRNAs只要较低的浓度就可以达到化学合成siRNAs较高浓度得到的效果（0.5-20nM
vs. 50-100 nM per transfection ）
最适用于：筛选siRNAs，特别是需要制备多种siRNAs，化学合成的价格成为障碍时。
不适用于：实验需要大量的，一个特定的siRNA。长期研究。
2、siRNA和shRNA的设计有何区别
siRNA和shRNA的设计有何区别
siRNA是小干扰rna；shRNA是小发卡rna,一段rna单链,形成茎环结构部分双链的小rna
siRNA可以是天然产生也可以是人工导入的,shRNA一般都是指人工的
shRNA多是用dna载体构建,在宿主内自行转录成shRNA,再加工成像siRNA一样的小RNA,目的为了模仿细胞内天然miRNA前体加工形成成熟miRNA的过程
3、一篇8分的circRNA/环状RNA做了哪些内容
backsplice junction位点一端互补配对，本文带大家一起探讨circRNA功能验证策略：对3free RNA以及 DNA同时进行PCR扩增，而探针序列设计是验证成功至关重要的环节，也可针对内含子区域序列设计siRNA. DNA free，建议探针尽可能跨backsplice junction位点随着去除核糖体测序技术深入发展；3，随后依据对应限制性内切酶位点进行酶切：1.1），称之为divergent primer（如图1，目前比较公认的成环机制为circRNA侧翼序列的碱基互补配对. 内含子环化circRNA。而对于circRNA. 每个siRNA设计对应的对照；2，除针对backsplice junction位点前后序列设计siRNA序列以外，尤其外显子环化circRNA。 敲除策略，进而连接pEGFP-C1载体.2），侧翼上下游1kb处过表达效率更佳，如图3所示. circRNA Northern blot验证 Northern blot方法是一种比较古老但行之有效的序列验证方法. 目标区域扩增基于基因组DNA为模版。基于divergent primer验证circRNA过表达倍数. 外显子环化circRNA。连接载体进而转染对应细胞样本，除backsplice junction位点处不同于linear RNA之外，也可针对内含子区域设计相应siRNA进行干扰；2。对于circRNA探针设计. 对于外显子环化circRNA.2 circRNA引物扩增结果 2，body区与linearRNA是一致的.1 convergent primer vs divergent primer 为增强circRNA的验证效率。 图1，称之为Alu结构（如图2）：1，如图3所示，另一端错配，越来越多的环状RNA（circRNA）不断报道发现：1，起始模版需满足以下要求（3 free），常规手段是围绕目的片段的上下游分别设计PCR引物.1），PCR扩增含侧翼Alu序列的目标DNA序列； 2，可以增强backsplice junction位点处扩增效率。 验证策略，针对backsplice junction位点前后序列设计siRNA.对内含子环化circRNA，电泳检测PCR proct大小（如图1。 过表达策略. circRNA敲除 circRNA敲除思路主要针对circRNA backsplice junction处序列信息设计siRNA、total RNA以及genome DNA同时进行杂交验证：对3 free RNA。 图1，需围绕circRNA设计探针序列。 验证策略. circRNA定量验证 circRNA定量验证手段与常规PCR手段不同，基于生物信息学分析显示circRNA发挥着极其重要的生物学功能；2。因此. circRNA过表达 circRNA过表达思想主要源于circRNA生物形成机制，对于内含子环化circRNA。然后如何采用实验手段进一步验证circRNA的生物学功能显得尤为重要，需扩增的片段位于上下游引物之间（如图1. 扩增目标区域包含circRNA侧翼Alu序列或内部碱基互补序列。 1： 1，可围绕内含子区域设计探针。Divergent primer验证circRNA敲除倍数. linearRNA free。 3。 4，定量PCR检测转染效率，称之为convergent primer，我们建议以下两点. rRNA free。 图2 circRNA侧翼结构特征 基于circRNA侧翼Alu序列特征，验证时需要特异性针对backsplice junction位点处设计primer，已有多篇文章报道circRNA成环机制，而且设计的PCR proct的长度越短越好。 3
4、怎么在NCBI上查到11-β HSD1的mRNA序列，怎么设计siRNA来做RNA干扰沉默该基因呢？
很基础的问题啊，在NCBI上search：gene,下面的对话框输入你要找的基因的名称，会出来相版关的基因序列，权看你要找什么物种的，一般是人和鼠的，如人的后缀是Homo sapiens，鼠的是Mus musculus。点击你要的序列号，会进入这个基因的基本信息，一直往下拉会看到mRNA and Protein(s) ，NM开头的序列号就是其CDNA的序列了。关于SiRNA，需要去网站搜索，如invitrogen,promega,等大型生物网站都有相关的tools给你设计，很方便！http://jura.wi.mit.e/bioc/siRNAext/siRNA_search.cgi?tasto=10925811，你去试试吧
5、在invitrogen上设计得到的siRNA只有一条，是从5端到3端的吧，公司合成时会按双链合成的？
看你自己设计时候的选项。如果选的是发夹结构，虽然是单链，但是自己会形成发夹双链结构，如果是很短的（20bp），则是单链
6、siRNA转染实验
1.设计合成有效的siRNA
RNAi的核心需要siRNA对相应mRNA进行有效的结合和作用。siRNA的设计合成首先很重要，最优的设计可以用最小的工作浓度取得满意的沉
默效果，减少副反应的发生。siRNA的设计可以通过检索,优先选用经过验证的siRNA或设计多对siRNA。需要强调的是，需要同时设置阴性对照以排
除非特异沉默现象和阳性对照以确认整个实验体系的有效性。
2.合成的siRNA注意纯度和工作浓度
siRNA的合成需要注意的是一定要选用高纯度的siRNA，siRNA的纯度直接关系到转染效率和沉默效率。siRNA的工作浓度和siRNA的设计、细胞种类、目标基因有关。建议一定进行相关的预实验优化各条件。
3.选择合适的siRNA转染试剂
选择合适的siRNA转染试剂是的RNAi实验成功另一个关键。由于细胞毒性对siRNA实
验的影响非常大，可以直接影响实验结论和结果，所以一定选择低毒性的转染试剂，看一个转染试剂毒性是否低，有一个简单的方法，看转染的过程和要求，比如要
求的细胞密度越大，说明毒性越大，比如转染复合物容许和细胞孵育的时间越短，说明毒性越大。除了低毒性，还最好操作简便，越简单越好，比如有的转染试剂要
求转染前换无血清培养基或低血清培养基，转染后又要有血清培养基，实际上，由于培养条件的频繁变化，可能会对细胞表达模式产生影响，对后续的mRNA和蛋
白分析也同样产生影响，最终影响实验的可靠性。
7、筛选的sirna可以直接用于设计shrna吗
siRNA 基因沉默子进入培养细胞，可快速有效地短暂地降低靶基因的表达。使用嘌呤酶专素选择 shRNA 或 shRNA 慢病毒颗粒是一种达到属稳定基因沉默的方法。因此，如果一个靶基因的蛋白转换较慢，shRNA 质粒或 shRNA 慢病毒颗粒应该是达到同样效果的理想...
8、siRNA有哪些设计？
以前人们一般应用较长的dsRNA作为基因沉默的工具，但后来发现长链dsRNA特异性较差。它不仅可激活RnaseL，导致非特异性RNA降解，而且还能激活依赖于dsRNA的蛋白激酶R（protein：kinase：R，PKR），PKR可磷酸化翻译起始因子e：IF2并使其失活，从而抑制翻译起始。后来人们发现小于30bp的dsRNA即可有效引起基因沉默，并且不会产生非特异抑制现象，进一步研究表明抑制作用最强的是长21bp、3′端有两个碱基突出的siRNA。
但RNAi技术要求siRNA反义链与靶基因序列之间严格的碱基配对，单个碱基错配就会大大降低沉默效应，而且siRNA还可以造成与其具同源性的其他基因沉默（也叫交叉沉默），所以在siRNA的设计中序列问题是至关重要的。要求所设计的siRNA只能与靶基因具高度同源性而尽可能少的与其他基因同源。
设计siRNA序列应注意以下几点：①从靶基因转录本（mRNA）起始密码子AUG开始，向下游寻找AA双核苷酸序列，将此双核苷酸序列和其下游相邻19个核苷酸序列作为siRNA序列设计模板，有研究结果显示GC含量在45%55%左右的siRNA要比那些GC含量偏高的更为有效；
②每个基因选择45个siRNA序列，然后运用生物信息学方法进行同源性比较，例如使用BLAST（www.ncbi.nlm.nih.govBLAST），剔除与其他基因或EST序列有同源性的序列，选出一个特异性最强的siRNA进行合成；
③尽量不要以mRNA的5′端和3′端非翻译区及起始密码子附近序列作为设计siRNA的模板，因为这些区域有许多调节蛋白结合位点（如翻译起始复合物），调节蛋白会与RISC竞争结合靶序列，降低siRNA的基因沉默效应。
9、怎么样利用已知的mRNA序列设计一个siRNA序列？
去sirecord这个网站
10、知不知道有哪些在线设计siRNA的网址
发物种，基因名至[email protected]即可
On-line tools for designing RNAi probes Design tool
Reference
-->Ambion siRNA Target Finder Elbashir SM, Harborth J et al.
-->Dharmacon siDesign Reynolds A, Leake D et al.
-->Clontech siRNA designer Elbashir SM, Lendeckel W et al.
-->DEQOR Henschel A, Buchholz F et al. EMBOSS SIRNA Elbashir SM, Harborth J et al. siRNA design Yiu SM, Wong PW et al. https://www.genscript.com/ssl-bin/app/rnai Wang L, Mu FY.
-->IDT siRNA design Parrish S, Fleenor J et al. Elbashir SM, Harborth J et al.
-->Interagon Saetrom P.
-->siRNA at Whitehead Yuan B, Latek R et al. Invitrogen BLOCK-iT(tm)
-->T7 RNAi Oligo Designer Dudek P, Picard D. siDirect Naito Y, Yamada T et al. siSearch Chalk AM, Wahlestedt C et al.