1、java.io.FileNotFoundException: D:\apache-tomcat-6.0.28\webapps\CMS3\upload (拒绝访问。)
这种情况是因为在创建输出流的时候，只写了目录的路径，如果要实现上传则必须是文件的路径才能正常上传；如果有遇到类似的情况请看下自己的路径是否正确；例如我的相关代码：
String realPath = this.getServletContext().getRealPath("/upload");这个是目录路径信息，在文件输出的时候按照下面的输出就不会有问题 ：
OutputStream out = new FileOutputStream(realPath+"\"+filename);这个才是文件路径的信息。
2、刚学完框架的能不能做CMS系统，它还需要什么技术
做CMS系统跟学没学过框架没有太大关系。我觉得你没理解框架到底是用来做什么的。
如果是回BS结构的答，好多程序（适合BS的）只用jsp就能写出来。但为什么出现了struts之类的框架?
因为框架规范了程序的结构，主要是使用框架之后，使得你的程序可维护性更强、开发效率更高。
所以说你的前一个问题答案是可以做。至于需要什么技术，那就看你自己想用什么技术了。
比如我公司做了一套OA用得是spring、Struts、Hibernate。同样我的朋友做了一套OA，他就用JSP+JDBC，一样做成了。
3、怎么让Sprng SpringMVC MyBatis搭建一个 CMS
。。。。。。。。。
好比问了一个怎么让Java自己写一个CMS程序呢。。。。
正确的说法：内使用Java所开发的Web程序在Tomcat上运行容。
也就是 Tomcat上搭建了一个 网站，网站类型是CMS，使用的技术框架是Spring SpringMVC Mybatis
Spring Springmvc Mybatis只是框架，怎么写成CMS，还要你自己去在框架上堆代码。