1、根据已知基因mRNA保守序列设计多对引物，然后在基因组上p相应片段，却老是p不出来，或者p出来较亮的片段测
基因含有内含子，导致基因序列过长，不能得到有效的扩增！你扩出较亮的条带应该是比较短的！你可以把你得到的短的序列测序，然后再设计引物，往两端扩，或者就用染色体步移法，一点一点的扩增！
2、我想问找到保守序列后如何设计引物及其步骤是什么？
怎么又是你哟~~
设计引物
NCBI
进化树~~等等~
这些我以前都做过~
primer5.0 ,设计引物的软件
3、如何读基因序列，设计引物时的保守区指那一段序列
从NCBI中下载基因的序列，再用DNASTAR进行比对，那是保守区域！
4、PCR引物设计中的问题、保守序列在目的基因内、但是引物为什么在保守序列设计？？
一般对于已知序列的PCR当然不要从保守序列来设计引物，只要从开放可读框前后开始设计就行了。需要从保守序列设计引物的情况一般是两种，一是某个物种里面某个特定基因序列从未被分离过，但其进化关系相近的物种有分离出这个基因的同源基因，这样我们可以调取这些同源基因，对比查看它们的保守序列设计引物，然后就利用这对引物就可以获得这个物种的这个基因的部分序列。然后再设计RACE获得全长序列。另外一种情况则是设计通用引物，很多情况下我们并不需要知道某些基因的全部信息，只要知道他有没有，这种时候就可以根据保守序列设计通用引物。这样的引物可以跨越很多物种获取同一个基因的信息，而不需要根据某特异的物种额外设计多种引物。
5、想请教一下做RACE时，特异性引物的设计问题，以及如何根据同源保守区设计引物？
选择保守区序列是指不同来源（物种、群、菌株）核苷酸或蛋白质序列高度同源的那个区域。
选择核苷酸序列的保守区设计引物，其一是为了防止PCR扩增时由于序列变异而导致的PCR假阴性；其二，用一对引物就可以应用于不同菌（毒）株（物种、区域）来源样品中某一特定核酸序列的PCR鉴定。
建议你先做3‘race，这个比5’race简单很多，你在NCBI上查找植物基因的序列，然后设计3‘race的接头引物，以及GSP1，GSP2，将RNA用你的接头引物作为随机引物反转，再用GSP1，GSP2进行PCR扩增。
如果觉得麻烦，可以直接买一个3'race的试剂盒。推荐invitrogen和Clontech公司的试剂盒。
6、关于用16srDNA扩增目的基因 ，我们是根据16srDNA的保守区来设计引物的，能被扩增的应该是序列都很相近的，
保守区可比性才更强吧，用16s作比对就是因为他保守阿，同源性低于95%就能认定为新种了吧？
7、求助保守序列查找，引物设计
如果：你研究的物种没有这个基因，就可以按下面步骤做。
1：把你的基因名称粘贴在NCBI的蛋白质数据库中，进行搜索（这个比核酸数据库更保守一些）
2：根据搜索到的结果，看下面列出的信息，有没有和你研究物种是近缘的（从分类上说的）
3：下载10-20条左右的氨基酸序列（片段长度最好差不多、下载最好分布多个近缘物种）
4：保存成FASTA格式，用MEGA软件（或其他可对比软件），进行比对
5：根据比对结果，找到保守序列（例如MEGA的显示是小星号，这个自己看一下软件就OK啦）
6：根据保守序列，按照简并引物设计原则，设计成对引物。（这个要学习一下如何从氨基酸翻译成核苷酸）
7：将序列给公司，进行合成。
8：回来，进行普通PCR扩增，如果有目的条带，则进行割胶回收，连接载体，克隆，测序
9：将测序结果进行BLASTX比对，看扩增的是否是你的基因，可用于全长扩增等后续实验
如果：你研究的物种有这个基因，就直接根据数据库中的序列设计引物就行啦。
8、在保守序列上找上下游引物需要翻译过来找吗
用RACE扩增要还一些，用保守序列扩增一个问题是保守区位置不好，扩增后任然不是基因全长，第二个你是新手保守序列设计引物不一定能设计到合适的引物。
9、保守序列在目的基因内，但是引物为什么在保守序列
一般对于已知序列的PCR当然不要从保守序列来设计引物,只要从开放可读框前后开始设计就行了.需要从保守序列设计引物的情况一般是两种,一是某个物种里面某个特定基因序列从未被分离过,但其进化关系相近的物种有分离出这个基因的同源基因,这样我们可以调取这些同源基因,对比查看它们的保守序列设计引物,然后就利用这对引物就可以获得这个物种的这个基因的部分序列.然后再设计RACE获得全长序列.另外一种情况则是设计通用引物,很多情况下我们并不需要知道某些基因的全部信息,只要知道他有没有,这种时候就可以根据保守序列设计通用引物.这样的引物可以跨越很多物种获取同一个基因的信息,而不需要根据某特异的物种额外设计多种引物.（搬运过来的，希望对你有帮助）