1、primer premier 6怎樣設計引物
引物設計有3 條基本原則:首先引物與模板的序列要緊密互補,其次引物與引物之間避免形成穩定的二聚體或發夾結構,再次引物不能在模板的非目的位點引發DNA 聚合反應(即錯配)。引物設計應注意如下要點: 1 引物的長度一般為15-30 bp,常用的是18-2
2、如何primer5設計引物
一句話兩句話的也說不清楚,你下載個primer5的使用說明不就行了?
http://wenku.網路.com/view/292349240722192e4536f63d.html
http://wenku.網路.com/view/b0bcec4733687e21af45a9f6.html?from=rec&pos=0&weight=21&lastweight=4&count=5
http://wenku.網路.com/view/1f66d3fe700abb68a982fb62.html?from=rec&pos=3&weight=912&lastweight=837&count=5
3、使用primer premier5.0設計引物
點文件,選新建DNA序列(File——New——DNA Seqence)然後把要設計引物的序列復制進去就行了(如果你要是願意也可以一個一個鹼基的打進去),然後點Primer進入到引物設計界面,進去後選點 Search 設置相應相應的條件,如:你要設計PCR擴增還是測序引物,是正向、反向還是雙向,在片段中的那個位置設計及引物的長度等等,設置好後一路OK點下去就行了,然後就會有引物出來供你選擇了。
哈哈不過具體的步驟1L那個網址好像已經給出了,不過在設計引物時LZ還要注意些條件,如TM值和GC一類的,還有引物長度等等^_^
反正我一般設計引物的時候TM和GC都控制在50-60之間,長度一般18或19個鹼基(555合成的時候按鹼基收費呀555),錯配和發卡都沒有,不過引物二聚體有的話問題倒是不大(反正我設計出來有二聚體的引物基本都OK)然後就是最好不要有4個或以上連續的鹼基,再有就是不要在重復序列里設計引物。
只要注意以上這些的話設計出的引物那裡測序或擴增都OK
呵呵希望對LZ有所幫助
4、如何用PRIMER5.0設計引物
進入軟體,genetank窗口file---new----DNA sequence進入序列輸入版塊。然後control+v輸入序列,如不改變序列,選擇AS菜單。
然後進入primer引物設計。進入search,點OK。系統自動生成引物。
選你需要的就可以了。(有評分)。如要克隆基因,則在primer菜單下手動設計。
5、如何使用primer5.0設計引物
首先打開NCBI,將查找范圍選定為Nucleotide,輸入關鍵詞,找到目的序列
首先肯定是要有保存好的基因序列,這里我是從NCBI上保存的DNA序列
然後,打開Primer應用程序,單擊Activate Proct進行激活。打開新的GenTank核酸窗口
打開保存的DNA序列
點擊Primer,查找引物
然後點擊Search,參考參數尋找合適的引物
6、關於使用primer 5.0設計PCR引物,哪位哥幫幫我啊,著急啊...
1、primer 5.0的各類參數是可以自己設置的,變化參數結果就會不一樣。就引物設計而言primer 5.0優於oligo 6.0,一般的方法是用primer 5.0設計,oligo 6.0來檢測;
2、可以自己自己動手修改,完全沒有問題,我自己試過。一般引物允許20%的不一致,但是在3端最好不要自己修改,3端也不要有發卡結構
7、如何如何使用primer primer設計引物
首先得下載安裝一個primer5 的軟體,網上百度搜索後即可下載獲得
點擊File下拉菜單,選擇New,然後選擇DNA Sequence
從word文件中copy目標序列,然後control+V到primer5的文本框中,選擇As is,點擊OK。
設計引物前得進行酶切位點分析,所以要點擊Enzyme按鈕,選擇Add添加目標酶,然後點擊OK進行分析檢測
完成上面之後,我們開始點擊primer選項設計引物
點擊S/A,分別代表設計上游/下游引物,這里我們就點擊S為例來設計上游引物
7
設計好之後往往需要根據作者的需要進行編輯,這時就點擊Edit primers,然後出現以下界面,作者就可以進行編輯修改了,這樣就基本完成獲得你所需要的引物了
8、primer primer5怎麼設計引物
首先打開軟體
左上角來操作
file——new——dna sequence
這一項可以把你復制的序列粘貼進去
當然,你也可以選擇另一個
file——open——dna sequence
去open一個新的文件。在接下來的界面里
復制你的序列,於是就將序列導入了點擊search
進入下圖界面開始設計引物
在此圖中有6個部分,紅色數字標示
1區,包括三部分,可以選擇設計pcr引物,測序引物和雜交探針
2區,搜尋模式,包括正鏈,反鏈等,我們一般選最後一項pairs,出來一組引物
3區,引物的范圍,上游引物所在范圍,下游引物所在范圍
4區,pcr 長度,根據需要設置
5區,引物長度,這個是調整的重點,前面是長度,後面是±
6區,選擇模式,一般選auto,也可以手動下面是一個設計
我選擇了
正鏈位於1-400內
負鏈位於500-910內
產物長度100-600
引物長度為20±1bp
輸入後,出現下圖界面
共有1000多條引物
點擊ok
9、怎麼用primer-blast設計引物
Primer-BLAST,在線設計用於聚合酶鏈反應(PCR)的特異性寡核苷酸引物。
這個工具整合了目前流行的Primer3,再加上NCBI的
Blast進行引物特異性的驗證。Primer-BLAST免除了用另一個站點或工具設計引物的步驟,設計好的引物程序直接用Blast進