shrna設計網站

1、siRNA和shRNA的設計有何區別

siRNA和shRNA的設計有何區別
siRNA是小干擾rna；shRNA是小發卡rna,一段rna單鏈,形成莖環結構部分雙鏈的小rna
siRNA可以是天然產生也可以是人工導入的,shRNA一般都是指人工的
shRNA多是用dna載體構建,在宿主內自行轉錄成shRNA,再加工成像siRNA一樣的小RNA,目的為了模仿細胞內天然miRNA前體加工形成成熟miRNA的過程

2、怎麼用invitrogen公司在線設計軟體設計shRNA，，具體步驟

沒用過 都是用sirecord

3、使用shRNA比siRNA的優勢是什麼？

兩個在RNAi途徑的基因沉默中具有實質利害關系的是雙鏈小干擾（siRNA）和基於載體的短發夾RNA（shRNA）。雖然siRNA和shRNA都可用於蛋白沉默，但它們的作用機制有所不同。不管是長的雙鏈RNA還是短的約21bp鹼基對的雙鏈都能夠直接被轉運到組織培養的細胞中。

雖然有一些報道提到siRNA在轉染細胞時是被轉運到細胞核中的，但更普遍的看法是它們在細胞質中聚集。長的雙鏈RNA與Dicer一起形成復合物，雙鏈特異性的核糖核酸酶III能夠將它們處理成帶有兩個游離鹼基的長度為21-23nt的siRNA。

隨後這些siRNA片段與RISC結合，RISC由Argonaute-2 （Ago-2）、Dicer和TAR-RNA-結合蛋白（TRBP）組成。然後RNA的兩條鏈分開，其中一條鏈從復合物上分離。5'端雙鏈穩定性最低的那條鏈被選擇出來，穩定的並入沉默復合物中。

(3)shrna設計網站擴展資料

早在1984年人們就發現反義RNA能夠抑制基因的表達。1993年，Nellen和Lichtenstein提出了一個模型來解釋這個觀察。然而，直到1998年，Fire等人發表了在線蟲RNA干擾的結果，他們發現雙鏈RNA在抑制基因表達方面實際上比單鏈RNA更有效。最終確定小RNA途徑涉及的蛋白質組分有許多與RNA干擾途徑一樣。

圖中總結了RNA干擾機制的主要元件。它們包括鎖定靶基因的雙鏈RNA（siRNA或shRNA）、Dicer酶，Argonaute蛋白家族的蛋白質（具體來說是Ago-2）、Drosha、RISC、TRBP和PACT。

4、如何快速設計shRNA

在研究基因功能中，RNAi由於可以特異地使基因沉默或表達量降低而成為生物實驗的強有力工具。其中shRNA慢病毒載體應用頗廣，今天小編告訴大家2種方法可以快速設計構建到慢病毒載體中的shRNA。

1. Sigma網站

Sigma 公司做了一個針對人和小鼠的shRNA 庫，而且部分基因的shRNA序列經過驗證,因此直接使用Sigma 公司已驗證過的RNAi 序列最為方便。

首先打開網址：http://www.sigmaaldrich.com/life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.html，以Fli1為例，直接輸入基因名，點擊search，出現以下界面：

在Procts中找到並點擊shRNA選項，然後出現這個界面：

點擊「MISSION shRNA Lentiviral Transction Particles」這一行的PRICING，這時會彈出界面展示針對目的基因的shRNA：

當出現時，恭喜你，這個基因有被sigma驗證過，下拉可以找到驗證過的shRNA，用來構建慢病毒，簡單有效，敲減效率基本上是有保證的。如果沒有驗證過的shRNA，則根據需要多選擇幾條shRNA也是一樣能篩選到有效的靶點。提示：小編傾向選擇CDS區的shRNA，3UTR基本不選，而且選擇的每一條shRNA都會在NCBI上做BLAST，確保靶點是特異性的。Blast比對後最終確認選擇下面2條FLI1基因的shRNA：

需要特別提醒，如果要構建到慢病毒載體上，合成出去的shRNA引物會根據載體有些不一樣，sigma用的是pLKO.1載體，小編常用SBI的pGreenPuro(CMV) 載體，兩端的酶切位點是BamHI/EcoRI，設計出去的引物最終是這樣的（不同shRNA替換中間紅色部分）：

Sense:
Anti-sense:

2. Life Technologies網站

Life Technologies公司有個非常實用的在線shRNA設計軟體，操作非常方便，而且設計出來的shRNA不再需要到NCBI上Blast，直接可以用的。

首先打開網站：http://rnaidesigner.lifetechnologies.com/rnaiexpress/，在Target Design Options處選中shRNA，以Fli1為例，輸入Accession number或Nucleotide sequence，其他條件不變：

下拉到底點擊RNAi Design，然後出現推薦的10條靶點序列：

根據Rank評星，選擇其中需要的（翠花一般選擇4條，不同位置各一條），點擊Design shRNA Oligos：

然後在Default Loop Sequence選擇合適的序列（翠花用的載體是pGreenPuro，不需要這個序列，就默認了，後面合成引物的時候要去掉的），在Custom Loop Sequence處輸入CTCGAG，點擊Design：

得到shRNA

提醒：合成出去的引物需要做微調，根據載體的要求，和sigma的設計一樣，需要在前後加上酶切位點的，最後大功告成。

5、shRNA設計 5『端通常有個CCGG（比如sigma的shRNA庫序列），這個序列的作用是什麼？

摘自網路
4. 在啟動子下游的酶切位點下方緊連一個C，使插入片段和啟動子有一定空間間隔以確保轉錄的發生。
5. ShRNA目的序列的第一個鹼基必須是G以確保RNA聚合酶轉錄。如果選擇的目的序列不以G開頭，必須在緊連正義鏈的上游加一個G。

6、求助：shRNA設計的步驟及軟體

軟體很多，網上一搜便知，至於Blast，可以將你設計的靶點直接輸入進行Blast，同源性越低越好

7、shrna設計原則中一般是在其orf中嗎

GATCC是BglII限制性內切酶的酶切位點，有可能輸入錯誤，正確應該是GATCT, TTTTTGGAAA是設計加上的特異性鹼基，一般shRNA設計有固定的鹼基，比如後面三個A.,參考設計吧

8、lncrna的shrna怎麼設計

您好 ①包括細胞質內的細胞器，細胞質包括細胞質基質和細胞器 ②原生質層是由細胞膜、液泡膜和兩層膜之間的細胞質構成的，它是植物細胞特有的一種結構，具有選擇透過性。細胞核及液泡裡面的細胞液都是原生質的組成部分，但不是原生質層的組成部分