1、如何設計有效的siRNA
1.化學合成
盡管化學合成是最貴的方法，但是卻是最方便的——研究人員幾乎不需要做什麼工作。包括Ambion和Qiagen公司都可以根據用戶要求提供高質量的化學合成siRNA。主要的缺點包括價格高，定製周期長，特別是有特殊需求的。由於價格比其他方法高，為一個基因合成3—4對siRNAs 的成本就更高了，比較常見的做法是用其他方法篩選出最有效的序列再進行化學合成。
最適用於：已經找到最有效的siRNA的情況下，需要大量siRNA進行研究
不適用於：篩選siRNA等長時間的研究，主要原因是價格因素
2.體外轉錄
通過體外轉錄的方法可以合成siRNAs，這樣的成本相對化學合成法而言比較低，是一種性價比高的篩選siRNAs的好方法。更重要的是採用這種方法能夠比化學合成法更快的得到siRNAs。以Silencer
siRNA Construction Kit為例，一旦得到DNA
Oligo模版（這個還是需要DNA合成的，不過DNA合成的成本就比較低了），只要24小時就可以，不需要等很久。這個方法的不足之處是實驗的規模受到限制，雖然一次體外轉錄合成能提供足夠做數百次轉染的siRNAs，但是反應規模和量始終有一定的限制。而且和化學合成相比，還是需要佔用研究人員相當的時間——畢竟，化學合成只需要定購就可以了。值得一提的是體外轉錄得到的siRNAs只要較低的濃度就可以達到化學合成siRNAs較高濃度得到的效果（0.5-20nM
vs. 50-100 nM per transfection ）
最適用於：篩選siRNAs，特別是需要制備多種siRNAs，化學合成的價格成為障礙時。
不適用於：實驗需要大量的，一個特定的siRNA。長期研究。
2、siRNA和shRNA的設計有何區別
siRNA和shRNA的設計有何區別
siRNA是小干擾rna；shRNA是小發卡rna,一段rna單鏈,形成莖環結構部分雙鏈的小rna
siRNA可以是天然產生也可以是人工導入的,shRNA一般都是指人工的
shRNA多是用dna載體構建,在宿主內自行轉錄成shRNA,再加工成像siRNA一樣的小RNA,目的為了模仿細胞內天然miRNA前體加工形成成熟miRNA的過程
3、一篇8分的circRNA/環狀RNA做了哪些內容
backsplice junction位點一端互補配對，本文帶大家一起探討circRNA功能驗證策略：對3free RNA以及 DNA同時進行PCR擴增，而探針序列設計是驗證成功至關重要的環節，也可針對內含子區域序列設計siRNA. DNA free，建議探針盡可能跨backsplice junction位點隨著去除核糖體測序技術深入發展；3，隨後依據對應限制性內切酶位點進行酶切：1.1），稱之為divergent primer（如圖1，目前比較公認的成環機制為circRNA側翼序列的鹼基互補配對. 內含子環化circRNA。而對於circRNA. 每個siRNA設計對應的對照；2，除針對backsplice junction位點前後序列設計siRNA序列以外，尤其外顯子環化circRNA。 敲除策略，進而連接pEGFP-C1載體.2），側翼上下游1kb處過表達效率更佳，如圖3所示. circRNA Northern blot驗證 Northern blot方法是一種比較古老但行之有效的序列驗證方法. 目標區域擴增基於基因組DNA為模版。基於divergent primer驗證circRNA過表達倍數. 外顯子環化circRNA。連接載體進而轉染對應細胞樣本，除backsplice junction位點處不同於linear RNA之外，也可針對內含子區域設計相應siRNA進行干擾；2。對於circRNA探針設計. 對於外顯子環化circRNA.2 circRNA引物擴增結果 2，body區與linearRNA是一致的.1 convergent primer vs divergent primer 為增強circRNA的驗證效率。 圖1，稱之為Alu結構（如圖2）：1，如圖3所示，另一端錯配，越來越多的環狀RNA（circRNA）不斷報道發現：1，起始模版需滿足以下要求（3 free），常規手段是圍繞目的片段的上下游分別設計PCR引物.1），PCR擴增含側翼Alu序列的目標DNA序列； 2，可以增強backsplice junction位點處擴增效率。 驗證策略，針對backsplice junction位點前後序列設計siRNA.對內含子環化circRNA，電泳檢測PCR proct大小（如圖1。 過表達策略. circRNA敲除 circRNA敲除思路主要針對circRNA backsplice junction處序列信息設計siRNA、total RNA以及genome DNA同時進行雜交驗證：對3 free RNA。 圖1，需圍繞circRNA設計探針序列。 驗證策略. circRNA定量驗證 circRNA定量驗證手段與常規PCR手段不同，基於生物信息學分析顯示circRNA發揮著極其重要的生物學功能；2。因此. circRNA過表達 circRNA過表達思想主要源於circRNA生物形成機制，對於內含子環化circRNA。然後如何採用實驗手段進一步驗證circRNA的生物學功能顯得尤為重要，需擴增的片段位於上下游引物之間（如圖1. 擴增目標區域包含circRNA側翼Alu序列或內部鹼基互補序列。 1： 1，可圍繞內含子區域設計探針。Divergent primer驗證circRNA敲除倍數. linearRNA free。 3。 4，定量PCR檢測轉染效率，稱之為convergent primer，我們建議以下兩點. rRNA free。 圖2 circRNA側翼結構特徵 基於circRNA側翼Alu序列特徵，驗證時需要特異性針對backsplice junction位點處設計primer，已有多篇文章報道circRNA成環機制，而且設計的PCR proct的長度越短越好。 3
4、怎麼在NCBI上查到11-β HSD1的mRNA序列，怎麼設計siRNA來做RNA干擾沉默該基因呢？
很基礎的問題啊，在NCBI上search：gene,下面的對話框輸入你要找的基因的名稱，會出來相版關的基因序列，權看你要找什麼物種的，一般是人和鼠的，如人的後綴是Homo sapiens，鼠的是Mus musculus。點擊你要的序列號，會進入這個基因的基本信息，一直往下拉會看到mRNA and Protein(s) ，NM開頭的序列號就是其CDNA的序列了。關於SiRNA，需要去網站搜索，如invitrogen,promega,等大型生物網站都有相關的tools給你設計，很方便！http://jura.wi.mit.e/bioc/siRNAext/siRNA_search.cgi?tasto=10925811，你去試試吧
5、在invitrogen上設計得到的siRNA只有一條，是從5端到3端的吧，公司合成時會按雙鏈合成的？
看你自己設計時候的選項。如果選的是發夾結構，雖然是單鏈，但是自己會形成發夾雙鏈結構，如果是很短的（20bp），則是單鏈
6、siRNA轉染實驗
1.設計合成有效的siRNA
RNAi的核心需要siRNA對相應mRNA進行有效的結合和作用。siRNA的設計合成首先很重要，最優的設計可以用最小的工作濃度取得滿意的沉
默效果，減少副反應的發生。siRNA的設計可以通過檢索,優先選用經過驗證的siRNA或設計多對siRNA。需要強調的是，需要同時設置陰性對照以排
除非特異沉默現象和陽性對照以確認整個實驗體系的有效性。
2.合成的siRNA注意純度和工作濃度
siRNA的合成需要注意的是一定要選用高純度的siRNA，siRNA的純度直接關繫到轉染效率和沉默效率。siRNA的工作濃度和siRNA的設計、細胞種類、目標基因有關。建議一定進行相關的預實驗優化各條件。
3.選擇合適的siRNA轉染試劑
選擇合適的siRNA轉染試劑是的RNAi實驗成功另一個關鍵。由於細胞毒性對siRNA實
驗的影響非常大，可以直接影響實驗結論和結果，所以一定選擇低毒性的轉染試劑，看一個轉染試劑毒性是否低，有一個簡單的方法，看轉染的過程和要求，比如要
求的細胞密度越大，說明毒性越大，比如轉染復合物容許和細胞孵育的時間越短，說明毒性越大。除了低毒性，還最好操作簡便，越簡單越好，比如有的轉染試劑要
求轉染前換無血清培養基或低血清培養基，轉染後又要有血清培養基，實際上，由於培養條件的頻繁變化，可能會對細胞表達模式產生影響，對後續的mRNA和蛋
白分析也同樣產生影響，最終影響實驗的可靠性。
7、篩選的sirna可以直接用於設計shrna嗎
siRNA 基因沉默子進入培養細胞，可快速有效地短暫地降低靶基因的表達。使用嘌呤酶專素選擇 shRNA 或 shRNA 慢病毒顆粒是一種達到屬穩定基因沉默的方法。因此，如果一個靶基因的蛋白轉換較慢，shRNA 質粒或 shRNA 慢病毒顆粒應該是達到同樣效果的理想...
8、siRNA有哪些設計？
以前人們一般應用較長的dsRNA作為基因沉默的工具，但後來發現長鏈dsRNA特異性較差。它不僅可激活RnaseL，導致非特異性RNA降解，而且還能激活依賴於dsRNA的蛋白激酶R（protein：kinase：R，PKR），PKR可磷酸化翻譯起始因子e：IF2並使其失活，從而抑制翻譯起始。後來人們發現小於30bp的dsRNA即可有效引起基因沉默，並且不會產生非特異抑制現象，進一步研究表明抑製作用最強的是長21bp、3′端有兩個鹼基突出的siRNA。
但RNAi技術要求siRNA反義鏈與靶基因序列之間嚴格的鹼基配對，單個鹼基錯配就會大大降低沉默效應，而且siRNA還可以造成與其具同源性的其他基因沉默（也叫交叉沉默），所以在siRNA的設計中序列問題是至關重要的。要求所設計的siRNA只能與靶基因具高度同源性而盡可能少的與其他基因同源。
設計siRNA序列應注意以下幾點：①從靶基因轉錄本（mRNA）起始密碼子AUG開始，向下游尋找AA雙核苷酸序列，將此雙核苷酸序列和其下游相鄰19個核苷酸序列作為siRNA序列設計模板，有研究結果顯示GC含量在45%55%左右的siRNA要比那些GC含量偏高的更為有效；
②每個基因選擇45個siRNA序列，然後運用生物信息學方法進行同源性比較，例如使用BLAST（www.ncbi.nlm.nih.govBLAST），剔除與其他基因或EST序列有同源性的序列，選出一個特異性最強的siRNA進行合成；
③盡量不要以mRNA的5′端和3′端非翻譯區及起始密碼子附近序列作為設計siRNA的模板，因為這些區域有許多調節蛋白結合位點（如翻譯起始復合物），調節蛋白會與RISC競爭結合靶序列，降低siRNA的基因沉默效應。
9、怎麼樣利用已知的mRNA序列設計一個siRNA序列？
去sirecord這個網站
10、知不知道有哪些在線設計siRNA的網址
發物種，基因名至[email protected]即可
On-line tools for designing RNAi probes Design tool
Reference
-->Ambion siRNA Target Finder Elbashir SM, Harborth J et al.
-->Dharmacon siDesign Reynolds A, Leake D et al.
-->Clontech siRNA designer Elbashir SM, Lendeckel W et al.
-->DEQOR Henschel A, Buchholz F et al. EMBOSS SIRNA Elbashir SM, Harborth J et al. siRNA design Yiu SM, Wong PW et al. https://www.genscript.com/ssl-bin/app/rnai Wang L, Mu FY.
-->IDT siRNA design Parrish S, Fleenor J et al. Elbashir SM, Harborth J et al.
-->Interagon Saetrom P.
-->siRNA at Whitehead Yuan B, Latek R et al. Invitrogen BLOCK-iT(tm)
-->T7 RNAi Oligo Designer Dudek P, Picard D. siDirect Naito Y, Yamada T et al. siSearch Chalk AM, Wahlestedt C et al.