1、根據已知基因mRNA保守序列設計多對引物，然後在基因組上p相應片段，卻老是p不出來，或者p出來較亮的片段測
基因含有內含子，導致基因序列過長，不能得到有效的擴增！你擴出較亮的條帶應該是比較短的！你可以把你得到的短的序列測序，然後再設計引物，往兩端擴，或者就用染色體步移法，一點一點的擴增！
2、我想問找到保守序列後如何設計引物及其步驟是什麼？
怎麼又是你喲~~
設計引物
NCBI
進化樹~~等等~
這些我以前都做過~
primer5.0 ,設計引物的軟體
3、如何讀基因序列，設計引物時的保守區指那一段序列
從NCBI中下載基因的序列，再用DNASTAR進行比對，那是保守區域！
4、PCR引物設計中的問題、保守序列在目的基因內、但是引物為什麼在保守序列設計？？
一般對於已知序列的PCR當然不要從保守序列來設計引物，只要從開放可讀框前後開始設計就行了。需要從保守序列設計引物的情況一般是兩種，一是某個物種裡面某個特定基因序列從未被分離過，但其進化關系相近的物種有分離出這個基因的同源基因，這樣我們可以調取這些同源基因，對比查看它們的保守序列設計引物，然後就利用這對引物就可以獲得這個物種的這個基因的部分序列。然後再設計RACE獲得全長序列。另外一種情況則是設計通用引物，很多情況下我們並不需要知道某些基因的全部信息，只要知道他有沒有，這種時候就可以根據保守序列設計通用引物。這樣的引物可以跨越很多物種獲取同一個基因的信息，而不需要根據某特異的物種額外設計多種引物。
5、想請教一下做RACE時，特異性引物的設計問題，以及如何根據同源保守區設計引物？
選擇保守區序列是指不同來源（物種、群、菌株）核苷酸或蛋白質序列高度同源的那個區域。
選擇核苷酸序列的保守區設計引物，其一是為了防止PCR擴增時由於序列變異而導致的PCR假陰性；其二，用一對引物就可以應用於不同菌（毒）株（物種、區域）來源樣品中某一特定核酸序列的PCR鑒定。
建議你先做3『race，這個比5』race簡單很多，你在NCBI上查找植物基因的序列，然後設計3『race的接頭引物，以及GSP1，GSP2，將RNA用你的接頭引物作為隨機引物反轉，再用GSP1，GSP2進行PCR擴增。
如果覺得麻煩，可以直接買一個3'race的試劑盒。推薦invitrogen和Clontech公司的試劑盒。
6、關於用16srDNA擴增目的基因 ，我們是根據16srDNA的保守區來設計引物的，能被擴增的應該是序列都很相近的，
保守區可比性才更強吧，用16s作比對就是因為他保守阿，同源性低於95%就能認定為新種了吧？
7、求助保守序列查找，引物設計
如果：你研究的物種沒有這個基因，就可以按下面步驟做。
1：把你的基因名稱粘貼在NCBI的蛋白質資料庫中，進行搜索（這個比核酸資料庫更保守一些）
2：根據搜索到的結果，看下面列出的信息，有沒有和你研究物種是近緣的（從分類上說的）
3：下載10-20條左右的氨基酸序列（片段長度最好差不多、下載最好分布多個近緣物種）
4：保存成FASTA格式，用MEGA軟體（或其他可對比軟體），進行比對
5：根據比對結果，找到保守序列（例如MEGA的顯示是小星號，這個自己看一下軟體就OK啦）
6：根據保守序列，按照簡並引物設計原則，設計成對引物。（這個要學習一下如何從氨基酸翻譯成核苷酸）
7：將序列給公司，進行合成。
8：回來，進行普通PCR擴增，如果有目的條帶，則進行割膠回收，連接載體，克隆，測序
9：將測序結果進行BLASTX比對，看擴增的是否是你的基因，可用於全長擴增等後續實驗
如果：你研究的物種有這個基因，就直接根據資料庫中的序列設計引物就行啦。
8、在保守序列上找上下游引物需要翻譯過來找嗎
用RACE擴增要還一些，用保守序列擴增一個問題是保守區位置不好，擴增後任然不是基因全長，第二個你是新手保守序列設計引物不一定能設計到合適的引物。
9、保守序列在目的基因內，但是引物為什麼在保守序列
一般對於已知序列的PCR當然不要從保守序列來設計引物,只要從開放可讀框前後開始設計就行了.需要從保守序列設計引物的情況一般是兩種,一是某個物種裡面某個特定基因序列從未被分離過,但其進化關系相近的物種有分離出這個基因的同源基因,這樣我們可以調取這些同源基因,對比查看它們的保守序列設計引物,然後就利用這對引物就可以獲得這個物種的這個基因的部分序列.然後再設計RACE獲得全長序列.另外一種情況則是設計通用引物,很多情況下我們並不需要知道某些基因的全部信息,只要知道他有沒有,這種時候就可以根據保守序列設計通用引物.這樣的引物可以跨越很多物種獲取同一個基因的信息,而不需要根據某特異的物種額外設計多種引物.（搬運過來的，希望對你有幫助）